Knjižnica Centra za istraživanje mora dio je knjižnice Instituta „Ruđer Bošković" koja ima sjedište u Zagrebu. Smještena je u crkvici sv. Gotharda pored zgrade Centra za istraživanje mora. 

Knjižni fond broji 17.000 svezaka koji su podijeljeni u nekoliko zbirki. Referentna zbirka koja sadrži biološke i kemijske leksikone, enciklopedije i rječnike, Zbirka knjiga s područja biologije, kemije i fizike mora, Zbirka časopisa koja čini i najveći dio fonda, Kartografska zbirka koja se sastoji od stotinjak karata Sredozemlja i Jadrana, Zbirka starih publikacija koja obuhvaća izvješća s ekspedicija. Posebno su vrijedna izvješća ekspedicije Challanger u 44 sveska u kojima je sadržan opis biljnog i životinjskog svijeta svjetskih oceana i mora. Razvoj knjižnice tijekom povijesti ovisio je o djelovanju Instituta pa je ona tako prije Prvog svjetskog rata imala 3.000 svezaka, a početkom 30-tih godina prošlog stoljeća kada je dogovorena zajednička talijansko-njemačka uprava Instituta počelo se s izdavanjem vlastitih publikacija. To su bili časopisi „Thalassia" i „Note". Tijekom Drugog svjetskog rata inventar je raznesen, a knjižni fond koji je tada brojao 15.000 svezaka odnesen je u Trst odakle će se 1961. godine vratiti tek 1.300 svezaka knjiga. Ostatak je i danas u tršćanskom Laboratoriju za morsku biologiju. U razdoblju d 1956. do 1991. godine Institut izdaje časopis „Thalassia Jugoslavica" u kojem su objavljivani radovi djelatnika i suradnika. Razmjenom časopisa knjižnica se obogatila mnogim inozemnim časopisima. sadržaj knjižnice moguće je pretraživati putem interneta.